FOFCC內(nèi)部按職能設(shè)有四個(gè)部：頒證管理部、質(zhì)量控制部、人力資源部、行政部。
質(zhì)量控制部 負(fù)責(zé)對(duì)認(rèn)證單位有機(jī)生產(chǎn)、加工質(zhì)量跟蹤審查；內(nèi)部質(zhì)量體系文件的制定、修改及管理；技術(shù)檔案管理；受理申、投訴等。
頒證管理部 負(fù)責(zé)制定下達(dá)認(rèn)證檢查任務(wù)，指派認(rèn)證檢查員到現(xiàn)場(chǎng)檢查，采集必要的樣品；復(fù)核認(rèn)證檢查報(bào)告及相關(guān)的信息資料后報(bào)技術(shù)委員會(huì)。對(duì)符合認(rèn)證標(biāo)準(zhǔn)的生產(chǎn)、加工單位及產(chǎn)品按管理程序頒發(fā)認(rèn)證證書(shū)、銷售證書(shū)或有機(jī)防偽追溯標(biāo)簽（有機(jī)碼）。
人力資源部 負(fù)責(zé)人力資源管理；FOFCC網(wǎng)站的日常管理；公開(kāi)認(rèn)證信息；國(guó)內(nèi)外信息交流；內(nèi)部技術(shù)培訓(xùn)；開(kāi)展合作研究
行政部 負(fù)責(zé)受理有機(jī)認(rèn)證申請(qǐng)；人事檔案、文件管理；財(cái)務(wù)管理；后勤保障。
FOFCC另設(shè)管理委員會(huì)確保認(rèn)證的規(guī)范性、公證性。管理委員會(huì)成員由農(nóng)業(yè)專家、環(huán)保專家、監(jiān)管部門代表、消費(fèi)者代表以及FOFCC獲證企業(yè)代表組成，任何一方都不占支配地位，不參與公司具體事務(wù)，只對(duì)重大決策監(jiān)控。其宗旨，確保FOFCC認(rèn)證活動(dòng)規(guī)范、公正、公平。主要職責(zé)如下：
（1）監(jiān)督FOFCC貫徹、執(zhí)行國(guó)家認(rèn)監(jiān)委有機(jī)食品認(rèn)證管理方面的政策、法規(guī)情況。
（2）收集社會(huì)各方面對(duì)FOFCC有機(jī)產(chǎn)品認(rèn)證工作的反饋意見(jiàn)，對(duì)FOFCC認(rèn)證工作提出整改建議和整改措施。
（3）監(jiān)督FOFCC是否規(guī)范、公正、公平、獨(dú)立地開(kāi)展認(rèn)證工作。
（4）對(duì)FOFCC及工作人員“違規(guī)行為”有制止和向國(guó)家認(rèn)監(jiān)委反映情況的權(quán)利。